Altertavle

Altertavlens træværk er et enkelt renæssancearbejde fra ca. år 1600.

Øverst ses treenighedssymbolet med Guds øje. Billedet er malet af C.V. Eckersberg, som også er kunstneren bag alterets centrale maleri: Jesus i Getsemane Have (1824/1828?). Dette maleri blev skænket til Vor Frue Kirke af kronprins Christian, den senere Chr. VIII.

Skriftstederne på altertavlens øvrige felter er udvalgt i forbindelse med renoveringen i 2004.

Prædikestol

Prædikestolen er i renæssancestil og bærer årstallene 1597 og 1599.

De udskårne figurer af Kristus og de fire evangelister er fra 1884. Figurerne er dog først blevet bemalet i 2004. Den gråhårede engel på lydhimlen hører også til den nye farvesætning.

Prædikestolens tekstbånd på latin er fire citater fra Det nye testamentes evangelier.

Døbefont

Den ottekantede døbefont af marmor er udført af billedhuggeren Otto Evens og skænket til kirken i forbindelse med renoveringen i 1884.

Det tilhørende sølvfad er fremme ved gudstjenester og kirkelige handlinger.

På døbefontens sider ses symbolerne for tro (korset), håb (ankeret) og kærlighed (de kyssende engle).

Glasmosaik

I korets nordvindue sidder en tredelt glasmosaik af Sven Havsteen-Mikkelsen fra 1973.

Mosaikken hedder: Korset og Kirken. Det ligebenede kors, nærmest et malteserkors, ses i det øverste runde felt.

Glasmalerier

I sideskibenes højtsiddende vinduer har den færøske kunstner Tròndur Patursson – med inspiration i den voldsomme færøske natur – skabt to glasmalerier, der skildrer korsfæstelsen og opstandelsen. Motiverne illustrerer, sammen med alterbilledet, påskens fortælling.

Glasmalerierne er en del af kirkens nyeste udsmykning fra 2004.

Gipsrelief

Gipsrelieffet i det nordre sideskib er udført af Carl Rohl Smith. Det viser Johannes Døberen, der prædiker for folket.

Relieffet blev opsat i kirken i 1884.

Skulptur

På vestvæggen ved døren til våbenhuset hænger en skulptur af Niels Helledie, indkøbt i 1993.

Den forestiller en hyrde, der bærer et lam. Hyrden har horn som tegn på, at han er som en far for lammet. Han har også sårmærker på hænderne, for han er den opstandne Kristus, den gode hyrde, der har sat sit liv til for fårene.

Gulvklinker

Gulvklinkerne er håndstrøgne tegl fra Sindal teglværk.

I syv klinker er indridset kristne symboler: stige, palmegren, fisk, due, trekant og opgående sol.

Ridsene er udført af billedmager Birthe Einer-Jensen, Svendborg.

Kirkeskibe

Orlogsfregatten Danebrog er bygget og rigget af skibsreder Hans Iversen, Skårupøre. Skibsmodellen blev skænket af en kreds af Svendborgs borgere og ophængt i Vor Frue kirke i 1910.

Korvetten Dagmar er bygget og skænket af skibsfører Frederik Almsted, Troense, i 1951.

Orgler

Kirkens hovedorgel er bygget i 1958 af Troels Krohn, Frederiksborg Orgelbyggeri. Det har 28 stemmer (ca. 1900 piber) fordelt på tre manualer og pedal og er bygget i barokstil. I 2005 gennemgik orglet en større istandsættelse udført af orgelfirmaet Andersen og Bruhn, Sønderjylland, hvor det blev intoneret om, fik nye tangenter og ny svelle. Gitrene bag orgelpiberne på facaden blev tillige forgyldt.

Kirkens kororgel på 4 stemmer (1 manual og pedal) er bygget af I. Starup i 1967 og blev opsat i kirken i 2004.

Flygel

En stor donation fra A. P. Møller Fonden gjorde det i 2023 muligt - med støtte fra Halbergs Familiefond, Louis-Hansen Fonden og Jorck´s Fond - at købe et nyt koncertflygel til kirken. Der er tale om et særdeles velklingende Steinway flygel model B.

Klokkespil

I spirets nederste lanterne hænger kirkens klokkespil, det oprindeligt havde 27 klokker. Det blev i 1958 skænket af vinhandler konsul Th. Andersen og støbt hos fa. Petit & Fritsen i Holland.

I 2008 donerede A. P. Møller fonden yderligere 9 klokker samt et nyt stokklaviatur, således at klokkespillet nu har 36 klokker. De nye klokker er støbt hos firmaet Eisbouts i Holland.

Klokkenisten spiller på klokkespillet ved hjælp af stokklaviaturet.

Hver dag kl. 8, 12, 16 og 22 spilles en melodi fra tårnet. Disse melodier er indkodet og styres via klokkecomputeren.

Klokker

I tårnet hænger tre klokker.

Den største, Tolvklokken, er fra 1656 og er støbt af Baltzar Melchior fra Husum. Den bærer indskriptionen: GUD OG DEN HELLIGE TREFOLDGHED TIL AERE OCH HANS MENIGHED UDI SVENDBORG TIL TIENESTE.

Mellemklokken, som er fra 1450, er støbt af Pether.

Stormklokken fra 1505 er støbt af Poul Grydestøber fra Middelfart og tilhørte oprindeligt Tved kirke, men flyttedes på befaling af Christian III til Vor Frue kirke i 1554. Den bærer følgende bøn: HELP GVD OC SANCTE LAVRIS.